La Facultad de Teología de Oña (Burgos), dirigida por la Compañía de Jesús y reservada a la formación de sus propios estudiantes desde 1880, y canónicamente reconocida por la Santa Sede en 1932, constituye el origen inmediato de la actual Facultad de Teología de la Universidad de Deusto.
En 1966, el Superior General de la Compañía de Jesús y Canciller de ambas instituciones decretó la integración de la Facultad de Teología de Oña en la Universidad de Deusto y la apertura de su claustro a profesores de diversas procedencias eclesiales. En 1967, al realizarse dicha integración, la Santa Sede autorizó su apertura a toda clase de alumnos. En octubre de 1968 se comenzaba el curso en el nuevo edificio de Archanda, funcional y práctico, aunque algo alejado.
En 1980 se dio un paso más en la incorporación de la Facultad en la vida universitaria. A partir de este año, la Facultad de Teología se incorporó al campus deustense. A dicha integración física siguió la estatutaria, propiciada por la necesaria adaptación a la constitución apostólica Sapientia Christiana, promulgada en abril de 1979. La Facultad de Teología ha pasado a ser una facultad más de la Universidad de Deusto, con las únicas peculiaridades que le exige su condición de Facultad Eclesiástica. Actualmente la fisonomía ha cambiado no tanto en los números cuanto en la composición del alumnado mayoritariamente laico y en el intercambio académico con otras carreras.
La Biblioteca de Teología, que desde 1981 ha estado situada junto a la Biblioteca Loyola de Filosofía, hoy forma parte de la gran Biblioteca de Universidad de Deusto.
El catálogo automatizado contiene 80.740 monografías de una colección bibliográfica especializada en Teología que alcanza los 90.000 ejemplares. La colección de publicaciones periódicas cuenta con 1.348 títulos.
Entre los recursos electrónicos, cabe destacar las bases de datos más importantes de contenido Teológico