La investigación constituye el objetivo central de los Institutos universitarios. El programa de investigación del Instituto de Derechos Humanos pretende extender el análisis y el conocimiento de los retos actuales de los derechos humanos a través de proyectos y contratos de investigación cuyos resultados constituyan innovaciones relevantes para las ciencias sociales y jurídicas, y útiles para los agentes políticos y sociales responsables del cumplimiento de los derechos humanos.
La investigación y su difusión, así como la transferencia del conocimiento generado con la misma, deben contribuir a fomentar en los entornos sociales y políticos en los que se enmarca el Instituto, desde lo local hasta lo internacional, la consolidación de una cultura de los derechos humanos.